1.我国农民专业合作社发展中存在的问题 1.1合作社内部运行机制不健全 由于农民专业合作社的产权不清晰、利益分配制度不健全，在合作经济组织盈余返还上，容易产生矛盾，引发不稳定因素。在财务管理上，农民专业合作社没有专门的财务制度和规范，只能参照有关企业财务制度运行，加上有关人员缺乏系统的财务知识，财务管理和风险防范问题迫在眉睫。农民专业合作社大都过多地强调对社员的收益分配，而未留足公积金、公益金及风险基金，影响了合作社的长远发展。
1.2政府有关部门对合作社支持不力 由于理论宣传不够，目前的合作社协会型的多，经济合作型的少。随着农民对“利益共享、风险共担”的紧密合作认识的提高，要求演进为合作社的迫切性已经很强，而政府相关部门却缺乏好的引导。甚至有些地方政府部门认为合作社是农民个人的事，政府不应该管，所以就采取“无为”的态度。因此，新一代农民专业合作社虽已产生多年，却一直没有大的发展和创新。
1.3资金短缺 合作社和其他盈利性企业一样，在发展过程中会不断增加对自有资金的需求。合作社筹集资金往往受到自身的限制。局限于向本社社员范围集资，已经远远不能适应市场经济发展的需要。
2.发展我国农民专业合作社的对策
2.1完善内部运行机制 合作社要引入现代化的企业管理机制，建立完善的管理制度和科学合理的内部责任制度并严格执行，以实现内部资源的优化配置；强化农民专业合作社的民主管理，改进“一人一票”的决策方式。在完善“一人一票”民主管理机制的基础上，可适当增加“一股一票”的管理方式，这样既可以提高社员入股的积极性，又可以给能人以发挥经营管理才能的机会。民主管理和能人管理相结合，不但能充分调动社员的自我管理、为合作社发展献计献策的积极性，而且又能有效避免社员“用脚投票”的倾向。为防止个人持大股而操纵合作社，“一股一票”也应有所限制，其所占比例不得高于“一人一票”；建立健全各项规章制度，约束和规范合作社的行为。为此，要完善合作社章程，制定切实可行的财务管理、劳动、人事、营销等各项制度并严格执行。
2.2加强政策扶持力度 要落实各级政府对农业产业化经营的扶持政策。新型农民专业合作社作为农业产业化经营的一个组成部分、一个关键环节，要在产业化经营中突出出来。对合作社兴办的农副产品加工企业，要优先纳入重点龙头企业进行扶持，每年从各级财政支农专项资金中切块安排部分资金，主要用于合作社企业的贷款贴息。国家应从支持农业、扶持农民出发，制定合作社减免税办法。对合作社的农副产品，有关部门要优先制定质量标准，对合作社的专项贷款，金融部门优先安排。同时各级特别是县级要组建由计划、财政、技术监督、工商、税务、金融及农口各部门参加的发展指导机构，协调各方政策，努力为合作社的发展创造良好的外部环境。
2.3加强业务指导 要积极扶持合作社联合组织（简称“合作联”）的建立和业务开展，重点是县域合作联的组建和业务开展。这一层次的合作联是直接为农业合作社服务的，为推动合作社的发展，合作联要认真贯彻合作社的价值和办社原则，尤其是自愿自助自立的原则，着力做好以下几项工作：强化宣传，推动发展。要通过宣传合作制的办社原则、基本制度、运作方式和利益机制，让农民了解合作制的内容和参加组建合作社的诸多益处，改变对合作社不正确的看法；组织培训，促进发展。近几年，为适应市场经济的发展，农村涌现了一批自发组建的不够规范但已具有合作社某些特征的经济联合体，也还有一些农民想组建合作社，但不知如何组建，县级政府是联系农村的桥梁，具有承上启下的作用，县财政要增加对合作联培训经费预算，通过培训引导，促进合作社的健康发展；搞好示范，引导发展；加强扶持，推动发展。要通过制定“三位一体”协调发展导向政策，完善合作社组织内部利益分配机制，建立和用好合作社发展基金等措施，推动合作社的快步发展。
2.4股份合作社是农民专业合作社发展的主要方向 农民专业合作社将有限的能力运用于解决农产品卖难和生产资料买难以及技术服务难的问题，无力提高农业标准化生产水平和农产品的竞争力。合作社有自身的优势，但也存在着筹资手段不足难以满足合作社对资金的需求等问题。这样合作社就面临着变异，即吸收外来的资金建立股份合作社，其组织机制便从过去的以信息服务和劳动互助为特征演化为追求资金增殖为特征。合作社通过向社员、社会筹集发展需要的长期资金，在合作社内部引人股份制成分，合作社发展成为股份合作社。股份合作社的最大特点是在分配上实行按交易分配和按资分配相结合，对外来资本和社会资本实行股份分红，股份合作社内部则按实际交易额返还利润。专业合作社的股份化趋势，有力地支持合作社在市场中的竞争力，是将来中国农业专业合作社发展的主要方向。