农村党的基层组织是中国共产党在农村全部工作和战斗力的基础，是农村各种组织和各项工作的领导核心，担负着直接联系、宣传组织、团结农民群众，把党的路线方针政策落实到农村基层的重要责任。农村改革的推进、经济的发展、社会的稳定和实现建设社会主义新农村宏伟目标，都有赖于农村基层党组织的领导核心作用和农村党员先锋模范作用的的充分发挥。
农村党的基层组织必须以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，贯彻党的路线方针政策、坚持党要管党和从严治党，努力成为团结带领群众建设有中国特色社会主义新农村的坚强战斗堡垒。（1）加强农村党的基层组织建设，要着眼和落脚于保证广大农村群众为实现农村发展的宏伟目标而努力奋斗。始终坚持以经济建设为中心，以奔小康、建设社会主义新农村为目标，把加强农村基层组织建设与推动农村改革、发展、稳定有机结合起来。既要防止脱离经济建设这个中心，也要防止就经济抓经济、忽视基层组织建设的倾向。（3）抓住党组织建设这个关键，贯彻从严治党的方针，从思想上、组织上、作风上全面加强农村党的基层组织建设，增强解决自身问题的能力，以充分发挥党组织在带领农民群众实现共同富裕和共同进步中的领导核心作用。（3）把农村党的基层组织建设作为一个系统工程，配套地抓好以党支部为核心的村级组织建设，以强化党支部领导班子功能为重点，同时搞好村委会、经济合作社、团支部、妇代会、民兵等组织建设。（4）要在改革和发展中研究新情况，解决新问题。总结推广成功的经验，并在实践中丰富、完善、提高，同时随着形势的发展，大胆探索、勇于创新，创造和积累新的经验，不断提高农村组织建设工作的水平。
农村党的基层组织建设，包括乡镇、村两级。1994年《中共中央关于加强农村基层组织建设的通知》明确提出了新时期加强农村基层组织建设，要努力实现“五好”的目标要求：①建设一个好领导班子，尤其要有一个好书记，能够团结带领群众坚决贯彻执行党的路线方针政策。②培养一支好队伍，共产党员能够发挥先锋模范作用，干部能够发挥示范带头作用，共青团员能够发挥助手和后备军作用③选准一条发展经济的好路子，充分发挥当地优势，加快农民脱贫致富奔小康的步伐④完善一个好的经营体制，把集体统一经营的优越性和农户承包经营的积极性结合起来，增强经济发展的活力。⑤健全一套好的管理制度，体现民主管理原则，保证工作有效运转，使村级各项工作逐步走上制度化、规范化的轨道。“五好”是一个完整的目标体系。建设好领导班子，特别是选配好支部书记是关键；
培养造就好队伍是基础；
选准一条经济发展的好路子是动力；
健全一套好制度是保证。五个方面共同体现了“两手抓，两手都要硬”的要求，是一个相互联系、不可分割的整体。
1997年10月，在全国农村基层组织建设电视电话会议上，胡锦涛又明确提出了乡镇党委建设“六好”的目标要求：①选配一个坚决贯彻执行党的路线方针政策、公正廉洁、团结合作、战斗力强的好班子，能力强的乡镇党委书记。②建设一支精干高效、素质优良、群众拥护的好乡镇干部队伍。③选准一条符合本地实际的发展经济、共同致富的好路子。④建立一套行之有效的工作、管理和监督的好制度。⑤保持一种密切联系群众、艰苦奋斗、实事求是的好作风。⑥形成一个坚持两手抓、两手硬，促进物质文明和精神文明协调发展的好的工作格局。
农村党的基层组织的基本工作方法直接关系到农村的方针政策的贯彻落实，决定着农村各项工作的实际效果。因此，农村党的基层组织必须认真贯彻党的思想路线、群众路线和民主集中制原则。运用正确的工作方法，顺利完成党在农村的各项工作任务。坚持党的思想路线，就是要在反映情况、安排工作、决定问题时，实事求是，一切从实际出发。要说实话、办实事，求实效。要依据本乡镇、村的实际情况，制定计划，处理问题。决不能搞虚假浮夸，不切合实际的那一套。坚持党的群众路线，就是要在决定本乡镇村的重大事情时，向群众商量，布置工作任务要向群众讲清道理。要关心群众疾苦，维护群众的合法权益，切实减轻群众负担，增强党组织的凝聚力和号召力。要通过党员大会、村民会议或村民代表会议，经常地、广泛地征求和听取党内外群众的意见，实行民主管理。要按照国家法律、法规和政策，结合本地实际，明确规定民主议事的内容，凡属村务管理的重大事项以及农民关注的热点、难点问题的处理，都应先召集党员大会讨论，再分别提交村民会议或村民代表会议讨论，按照多数人的意见实施民主决策，坚决纠正不顾群众意见而由几个干部自行其事的做法。要实行村务公开，对群众关心的热点问题和乡镇、村的重大问题，要采取适当方式定期向群众公开。（如村里新上的经济项目、征用土地和宅基地审批、计划生育指标、提留统筹方案及其他农民负担、集体土地和经营实体的承包、救灾救济款物的发放、村干部年度工作目标和工资奖金功绩过失及其他公共事务等等）通过村务、政务公开，切实加强民主监督。贯彻党的民主集中制，就是要求领导班子必须坚持集体领导和个人分工负责相结合的制度，建立健全民主决策程序和议事规则。凡属重要问题，必须经过集体讨论决定，不允许个人或少数人说了算。要建立健全规章制度，做到有章理事，依法办事。要依据党章和《中国共产党农村基层组织工作条例》以及国家的有关法律法规规范各项工作，规范党员、干部的行为。在村一级建立健全村民会议、村民代表会议等制度；
村党支部、村民委员会年终总结报告制度；
财务管理、审计制度；
村务公开、监督制度等等。各项制度建立以后，要认真抓紧落实，严格按照制度办事。要充分发挥农村党员的先锋模范作用和基层干部的示范带头作用。要通过党员联系户、党员责任区等形式，帮助和带动农村群众完成各项工作任务。要求农民群众做到的，党员、干部自己要首先做好。要发动党员和干部做好群众的思想政治工作，经常分析群众的思想状况，掌握群众的思想动向，化解矛盾，把广大农村党员和群众的积极性引导好、保护好、发挥好。要组织党员和群众学习农村科技知识，应用科技发展经济。要善于用说服教育、示范引导、提供服务的方法处理同农民群众的关系。根据其他基层组织的自身特点和优势，充分发挥他们在两个文明建设中的作用。各项工作要统筹安排，有布置、有检查、有总结，抓好落实。
乡镇应当设立党的基层委员会。县镇党的委员会由党员大会或党员代表大会选举产生。村一般设立党的支部委员会。有正式党员三名以上的村，应当成立党支部；
不足三名的，可与邻近村联合成立党支部。党员人数超过五十名的村，或党员人数虽不足五十名，但村办企业具备成立党支部条件的村，应工作需要，可以成立党的总支部。党员人数一百名以上的村，根据工作需要，经县级地方党委批准，可以成立党的基层委员会；
村党委由乡党委领导。村党支部、总支部和党的基层委员会由党员大会选举产生。县以上有关部门驻乡镇的单位，应当根据党员人数和工作需要建立党的基层组织。除中央另有规定的以外，这些党组织由乡镇党委领导。
《中国共产党农村基层组织工作条例》明确规定行政村党支部（党委、党总支）的主要责任是：(1)贯彻执行党的路线方针政策和上级党组织以及本村党员大会的决议。（2）讨论决定本村经济建设和社会发展中的重要问题。（3）领导和推荐村级民主选举、民主决策、民主管理、民主监督，支持和保障村民依法开展自治活动。领导村民委员会、村集体经济组织和共青团、妇代会、民兵等群众组织，支持和保证这些组织依照国家法律法规以及各自章程充分行使职权。（4）搞好支部委员会的自身建设，对党员进行教育、管理和监督。负责对要求入党的积极分子进行教育和培养，做好发展党员工作。（5）负责村、组干部和村办企业管理人员的教育管理和监督。（6）搞好村的社会主义精神文明建设和社会治安、计划生育工作。
乡镇党委是乡镇各类组织和各项工作的领导核心，是农村改革和经济建设的直接组织者和领导者。《中国共产党农村基层组织工作条例》明确规定县镇党委的主要职责是：（1）贯彻执行党的路线方针政策和上级党组织以及本乡镇党员代表大会（党员大会）的决议。（2）讨论决定本乡镇经济建设和社会发展的重大问题。（3）领导乡镇政权和群众组织，支持和保证这些机关和组织依照国家法律法规及各自章程充分行使职权。（4）加强乡镇党委自身建设和以党支部为核心的村级组织建设。（5）按照干部管理权限，负责对干部的教育、培养、选拔和监督工作。协助管理上级有关部门驻乡镇单位的干部。（6）领导本乡镇的社会主义精神文明建设，做好社会主义治安综合治理和计划生育工作。