随着我国市场经济的发展和卫生机构体制改革的不断深入，我国在政治经济、科学军事、文化卫生等诸多领域快速溶入世界大家庭。频繁接触和自然环境的严重破坏，导致各种新形疾病和传染病迅速上升。交叉而来的传染性疾病给人民的工作、生活造成了极大的痛苦和损失。为此，党和国家高度重视疾病预防控制工作，并取得迅猛发展。特别是“非典”过后，我国吸取了发达国家重预防、轻治疗经验做法，加大了疾病预防控制机构投资力度。健立、健全了一系列工作规范和法律法规，不断拓展疾病预防控制工作内容和服务领域，使疾病预防事业得到前所未有发展。与此同时，对疾控档案管理工作也提出新的、更高的要求：要求档案工作要有与之相适应的新理念、新模式，更好的为疾病预防控制事业服务。我们结合疾控中心档案管理的现状及存在的问题进行了深入的调研，并就此提出了解决问题的思路和对策。
1、 加强档案管理人员培训力度
提到档案管理工作在中心业务工作中的重要性，很多人都不以未然，认为档案管理工作可有可无，只要把主要业务工作完成就万事大吉。这是对档案管理工作和档案信息资源利用的重要性缺乏足够的认识。所以要加强《档案法》和相关法律、法规的宣传、培训力度。鉴于档案管理工作的安全性和保密性，强化档案管理人员思想道德教育，树立档案工作者高度的责任心和使命感也刻不容缓。另外，档案信息化建设是一项耗资费时，现代化程度高的系统工程。拥有一批具有高素质的新型档案人才是当务之急。所以，必须强化档案工作人员业务能力的培训，熟悉掌握档案业务和行业标准，积极参与档案学术研究，不断提高理论研究水平，加速档案管理信息化和现代化的进程，推动传染病防治和疾控档案工作的健康发展。
2、 加强相关业务信息的收集力度
加强档案信息收集工作是档案开发利用的重要组成部分。疾控档案是以疾病预防和免疫控制为主。其中还包括党群工作、行政管理、基本建设、五大卫生、预防保健、设备仪器和会计管理等。具体内容如在地方病检测，结核病、艾滋病、慢性非传染病防治等工作中形成的疫情调查报告、检验结果、公文、图表、录音、录像等各种门类和各种载体档案。档案管理和相关业务工作人员应各负其则，对所搜集的信息进行认真整理、编制、研究，使之成为疾控工作者了解世界范围内传染病流行和疾病防控领域前沿发展状况的主要渠道。为领导决策疾控中心工作的科学化、现代化建设提供理论依据。
3、 加强档案管理工作科技含量
有了大量的信息资源，如何方便、快捷、准确地管理和利用这些信息资源，使之达到更好的为人类健康服务的目的。是疾病预防和档案管理工作者的当务之急。最好的办法就是充分运用现代技术手段科学地管理档案，建立一套规范和实用的计算机信息管理系统。为疾控信息资料提供信息存储、管理、数据传输和其它服务。从而大大提高信息资料的可利用性。并运用数字电子影像技术，将传统的纸质等档案载体的文字、图片、影像等直读信息转换为数字代码信息，结合运用计算机管理软件，对数字化档案信息进行存储、管理、索引。既节省档案信息存储空间，又保持文件资料凭证的原始特征。这样大量信息文件能快速的录入和输出，取代纸质档案查阅费时、费力等不方便和原始档案容易损坏传统方式。大大提高档案的使用寿命，解决了疾控档案管理中保存困难、管理成本高、检索困难的问题，避免不必要的浪费和重复劳动。
4、 加强疾控信息统计分析和利用
档案信息是社会一种巨大的信息资源，强化档案信息资源的管理和利用对我国社会主义现代化建设起着至关重要的作用。搞好疾病预防控制档案信息统计与管理工作，不仅关系到疾控中心的自身建设，同时也为国家医疗卫生事业发展做出应有的贡献。疾病预防控制机构面对层出不穷的新病菌、新疫情和大量相关及交叉学科的信息，要及时进行信息统计分析。通过对新生病菌的演变过程和疾控领域中诸多现象的发展过程进行观察、研究，准确地反映疾病流行的速度、范围和病菌变易等真实情况，从而得出疫情活动和预防、免疫的客观规律。为中心疾控工作提供必要的理论依据和实践经验,使疾控预防机构更好的适应社会发展和人民身体健康的需要，实现了高效利用档案的目的。
5、加强档案的日常管理
由于各部门受职能特殊性的限制以及不同种类档案的表现形式的影响，致使许多重要的文件资料分散在各部门、各科室，有的甚至损坏丢失，给中心工作带来诸如多不利。各部门应明确一名负责兼管档案工作人员，使中心形成较完善的档案工作网，收集并接收所在部门、科室具有保存价值的档案资料。对年度形成的全部档案，严格按照有关的规定，实行集中统一管理，各科室年末要按时向档案室移交各类档案。并做初步的档案整理工作，作到归档文件完整、编目符合要求。形成以档案室为中心，各职能部门及业务科室领导分管，兼职档案员具体落实的管理模式，并将档案工作纳入部门、科室的年度目标管理责任状进行考核。同时，积极主动开发档案信息资源，使档案管理工作得以保证。确保档案管理工作和疾控各项工作健康发展。