根据传染病学的原理，人体感染病原体后可以有五种感染状态，即一过性感染、隐性感染、显性感染、潜伏性感染和病原携带状态。病原携带状态是指病原体与人体的免疫状态保持相互的平衡，即病原体所引起的机体组织损害和功能障碍轻微，所以缺乏明显的临床表现；但同时，机体的免疫功能又不足以清除病原体，因此病原体长期存在人体内。
具体到“乙肝病毒携带者”， 主要有两种情况：
一种表现为乙型肝炎病毒表面抗原（HBsAg）和e抗原（HBeAg）阳性，血清中高水平的乙型肝炎病毒（即HBV DNA阳性）而转氨酶（ALT）正常。此种表现常见于在围产期感染乙型肝炎病毒，并由于幼年时免疫系统发育不成熟而长期处于免疫耐受状态，长期携带病毒，其自发或治疗相关的HBeAg清除率均很低。
另一种状态称为非活动HBsAg携带状态，表现为HBsAg阳性超过6个月以上，HBeAg阴性，而抗HBe阳性，血清中乙型肝炎病毒水平较低（即HBV DNA阴性），且转氨酶持续正常，对这部分携带者进行肝组织学检查，也没有明显的慢性炎症表现。
对第一种情况的长期随访发现，约29％在成年时出现转氨酶的升高和波动，约3％出现胆红素水平的升高，甚至5％出现2次以上的转氨酶波动。说明部分病毒携带者长期的携带状态是不稳定的，病毒与机体免疫平衡有可能被打破，继而出现肝炎的表现。而非活动HBsAg携带状态中，约4％左右会出现HBeAg的再次阳性，约24％虽然始终保持HBeAg的阴性，却有转氨酶的波动，成为HBeAg阴性的慢性乙型肝炎。因此，乙肝病毒一旦感染，很难彻底清除。
在有关乙肝的术语中，老百姓对“大三阳”“小三阳”最为熟悉，但究竟什么是“大三阳”“小三阳”却不甚了了。所谓“大三阳”是指HBsAg阳性、HBeAg阳性和抗HBc阳性，而“小三阳”与“大三阳”的区别在于HBeAg阴性而抗HBe阳性。“大三阳”常见于上述的第一种情况，而所谓的“小三阳”，可能是非活动HBsAg携带状态，也可能是由于病毒在感染过程中发生变异，HBeAg阴性而抗HBe阳性。
实际上，“大三阳”和“小三阳”并不是医学专业术语。HBeAg是病毒活动型复制的标志，HBeAg阳性表示病毒还在活动，请注意，是病毒而不一定指疾病。以往因为不能测定乙型肝炎病毒（HBV DNA），只能间接地通过HBeAg的测定来反映病毒是否存在活动。现在由于能够直接测定乙型肝炎病毒，所以，不应该把注意力盯在“大三阳”“小三阳”上，而应该了解乙型肝炎病毒（HBV DNA）是否阳性和水平高低。
转氨酶（ALT）正常的乙肝病毒感染者的肝硬化年发生率约为0.5%。HBsAg和HBeAg双阳性以及单纯HBsAg阳性者的肝癌发生率，每年每十万人中分别为1169人年和324人，而HBsAg和HBeAg均阴性者的肝癌发生率每年每十万人中仅为39人。可见，“携带者”发生肝硬化和肝癌的危险性略高于非携带者。
了解了“乙肝病毒携带者”的状态和未来的转归，我们可以这么说：乙肝病毒感染后很难彻底清除，需要长期进行动态观察，需要长期抑制病毒的复制。
那么是否有药物能帮助清除病毒呢？遗憾的是，目前还没有有效的药物能够清除“携带者”体内的病毒。因为携带状态是病毒与机体免疫功能平衡的结果，而抗病毒治疗的这个外因需要依赖于机体的内因起作用。只有当感染者出现转氨酶升高时，表明机体自身已经对感染病毒的肝细胞进行攻击，而这个时候应用抗病毒药物往往具有一定的效果。
鉴于“携带者”又有可能发生炎症活动，有肝硬化和肝癌的危险性，因此，非活动HBsAg携带状态应该每6～12个月检查1次转氨酶，HBsAg阳性且HBV DNA阳性者应该每3～6个月检查1次转氨酶，这样能够及时发现病情的活动，以便及时治疗。
45岁以上的男性，HBsAg长期阳性，有肝硬化以及有肝癌家族史者，还应该至少每6个月进行1次超声波和甲胎蛋白的检查，以便在肝癌发生时能够及时发现，及早治疗。